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Nuovo modello matematico codifica Dna di singole cellule

Grazie a un modello che”traduce” le sequenze di Dna in forma matematica e converte le complesse sequenze di geni in una forma matematica più semplice, gli scienziati potranno più facilmente codificare il Dna di ogni singola cellula. Il metodo si chiama Simplex Encoded Linear Model for Accessible Chromatin (Selma) ed è stato messo a punto da un team della University of Virginia Health System.

Un team della University of Virginia Health System (USA) ha sviluppato un nuovo strumento che potrebbe essere utile agli scienziati per codificare il DNA di ogni singola cellula.

Si tratta di un modello matematico – denominato Simplex Encoded Linear Model for Accessible Chromatin (SELMA) – messo a punto per assicurare l’integrità dei ‘big data’ raccolti dal materiale genetico noto come cromatina, una combinazione di DNA e proteine, che gioca un ruolo importante nel dirigere l’attività dei geni. Tutto questo è stato descritto in un articolo pubblicato da Nature Communications.

Grazie al metodo noto come ‘single-cell ATAC-seq’, gli scienziati oggi possono studiare la cromatina a livello di singole cellule. Tuttavia, questa tecnologia genera un’enorme quantità di dati, ma il SELMA consente di semplificare le informazioni salvando quelle utili. In sintesi, il team della University of Virginia Health System ha usato una teoria dei numeri per codificare le sequenze di DNA in forma matematica e convertire, poi, le complesse sequenze di geni in una forma matematica più semplice.

Il SELMA consente di confrontare diverse forme per rilevare eventuali ‘bias’ nelle sequenze che non sarebbero, altrimenti, facilmente individuabili. Per rendere il loro metodo universalmente disponibile, i ricercatori hanno creato un software free, open-source e l’hanno pubblicato online.

Fonte: Nature Communications 2022

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