Cancro. Ecco la prima "web" enciclopedia genetica dei tumori e dei trattamenti

Si chiama Cancer Cell Line Encyclopedia ed è stata presentata su Nature. Comprende quasi 1000 linee cellulari diverse e un database con i dati genetici sui diversi tumori e sui farmaci sviluppati contro di essi. Nasce da una collaborazione tra Broad Institute, Dana-Faber e Novartis.

29 MAR - Sempre più spesso si parla di cure personalizzate, soprattutto per quanto riguarda il cancro: negli ultimi anni l’obiettivo dei ricercatori è sempre più quello di trovare il farmaco giusto che faccia azione sull’obiettivo specifico del paziente. Ma la strada è ancora lunga per questo e ancora molto si deve imparare sulle singole mutazioni genomiche che portano alle varie forme di tumore e sui possibili trattamenti. Proprio in questa direzione va però oggi un’iniziativa di collaborazione tra accademia e industria: il Broad Institute, il Dana-Farber Cancer Institute, il Genomics Institute della Novartis Foundation, gli Institutes for Biomedical Research sempre della Novartis hanno infatti pensato di realizzare un’enciclopedia di tutti i biomarker per il cancro e delle possibilità terapeutiche. La Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE) è presentata questa settimana su Nature.
 
“Speriamo che l’enciclopedia possa essere una buona risorsa preclinica, capace di indirizzare nella giusta direzione anche le Linee Guida per il trattamento”, ha commentato Levi A. Garraway, docente alla Harvard Medical School e membro del Broad Institute. La CCLE comprende dati relativi a espressione genica, numero di copie sui cromosomi, e sequenziamento di quasi 1000 linee cellulari tumorali umane, ovvero le cellule maligne rimosse dal tessuto malato e messe in coltura in laboratorio. Oltre a queste sono raccolti profili farmacologici di 24 molecole contro il cancro che agiscono su circa la metà di queste mutazioni genetiche. Per metterle tutte insieme, il team si è basato sugli studi genetici, di biologia computazionale e di screening dei farmaci, raccolti negli anni dal Broad Institute, dal Dana-Faber e dalla Novartis. “L’enciclopedia è pensata per essere una risorsa pubblica, utile come catalizzatore di ricerca”, ha aggiunto Todd Golub del Dana-Farber Cancer Institute, co-autore del lavoro. “Chiaramente la sfida è ora quella di aggiungere farmaci testati alla lista di quelli già presenti nella lista”. Finora il team ha aggiunto alla CCLE 947 tra le quasi 1200 linee cellulari disponibili sul mercato, che nelle giuste condizioni possono crescere in maniera infinita. Questo offre chiaramente enormi possibilità di ricerca, o anche solo predittive. Un database di questo tipo, infatti, rende possibile collegare caratteristiche di alcune cellule ad altre. Per esempio, spiegano gli esperti, molti tipo di cancro presentano una mutazione del gene NRAS, che oltre ad attivare la crescita del tumore sono vulnerabili a un certo tipo di farmaco che blocca la particolare proteina MEK, coinvolta nella trasmissione dei segnali: la creazione dell’enciclopedia ha permesso ai ricercatori di analizzare le circa 40 linee cellulari che presentano la stessa mutazione per vedere se tra queste ce ne sono altre che rispondono ai farmaci inibitori di MEK, facendo anche partire dei trial clinici proprio su questo.
 
Avendo questo tipo di conoscenze,dunque, gli scienziati potrebbero ora avere le idee molto più chiare su quale tipo di tumore risponde a quale particolare farmaco, prima ancora di iniziare trial clinici costosi. Inoltre, i pazienti coinvolti negli esperimenti potrebbero essere scelti proprio in base a quanto, a causa della loro situazione genetica, è probabile che rispondano al farmaco. “Il processo di produzione e test dei farmaci potrebbe così venire velocizzato, rispetto all’approccio agnostico usato al momento”, ha aggiunto Garraway. Lo stesso principio potrebbe valere per le opzioni terapeutiche, ad esempio i medici potrebbero essere in grado di scegliere il trattamento chemioterapico in base a quanto è probabile che funzioni su ogni paziente.
Il progetto già sembra mastodontico, ma è destinato a crescere: quello appena pubblicato è solo il primo volume dell’enciclopedia, ma ne sono previsti altri in futuro. “È veramente solo la punta dell’iceberg”, ha concluso lo scienziato. “Con gli algoritmi di modellizzazione ricavati dal database e con tutti questi dati a disposizione, il nostro lavoro potrebbe aprire un campo di ricerca enorme”.
 
Laura Berardi

29 marzo 2012
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