Il 17 giugno il ministro della Salute Beatrice Lorenzin ha comunicato la volontà di avviare il commissariamento dell'Istituto, dichiarando che si tratta di "una misura che dovevamo assumere, un atto dovuto in base al decreto legge 6 luglio 2011, n. 98 che permetterà di riorganizzare l'Istituto all'interno della riforma degli enti e degli istituti che stiamo predisponendo". La ragione di tale commissariamento starebbe nel fatto che la Corte dei Conti ha registrato i disavanzi dell'Istituto superiore di sanità per gli anni 2011, circa 26 milioni di euro, e 2012, circa 4 milioni di euro. La Corte, certificando due anni consecutivi di bilanci in rosso (come prescritto dalla legge 111 del 2011), ha segnalato la possibilità di procedere alla decadenza di tutti gli organi direttivi dell'Istituto superiore di sanità, suggerendo al contempo di fare "scelte gestionali di contenimento dei costi e di sviluppo dell'attività convenzionale, che consentano all'Istituto di far fronte anche a eventuali ulteriori limitazioni dei finanziamenti pubblici, dai quali, allo stato, resta ancora quasi totalmente dipendente".
"Dunque, è prevista la possibilità. Non la necessità. Il ministero Lorenzin, quindi, aveva la facoltà ma non l'obbligo, di procedere al commissariamento. Una scelta contestabile anche alla luce del fatto che l'attuale presidente dell'Iss, Fabrizio Oleari, insediatosi solo nel marzo 2013, sembra stia realizzando un'ulteriore riduzione del disavanzo, volta a raggiungere l'obiettivo del pareggio di bilancio. Tra l'altro, mancano riscontri concreti sul fatto che la procedura di commissariamento determini reali benefici. Anzi, nella quasi totalità dei casi è appurato che ciò non è avvenuto". E' per queste ragioni che la deputata del M5S Giulia Grillo ha presentato un'interpellanza urgente sull'indipendenza dell'Iss.

"Riteniamo inaccettabile che il Ministro, prima di agire, non abbia ritenuto opportuno informare il Parlamento su questi gravissimi fatti. La notizia del commissariamento ci è giunta, come troppo spesso accade, attraverso le indiscrezioni della stampa - ha spiegato Grillo -. Se non fosse stato per la nostra interpellanza odierna, nessuno dal ministero si sarebbe preso la briga di riferire sulla vicenda, sulla quale, tra l'altro, nella risposta del sottosegretario Vito De Filippo, non è stato aggiunto nulla rispetto a quanto già sapevamo".

La richiesta del M5S è chiara: "Vogliamo vedere il piano di commissariamento e, soprattutto, vogliamo conoscere il nome del commissario. Vista anche la recente nomina nel pool che lavora sulla legge 40 di un membro imputato per corruzione in una vicenda che riguarda le liste d'attesa e le forniture legate alla procreazione assistita, non ci fidiamo delle scelte del ministero. Abbiamo il timore che il commissariamento sia una scusa per mettere la museruola all'ente e per procedere ad ulteriori tagli del suo personale, altamente specializzato".

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