Covid. Aggiornamento varianti: Omicron al 100% con i suoi sotto-lignaggi

La variante Omicron risulta la variante del virus SARS-CoV-2 predominante nel nostro Paese. Lo conferma l’ultima analisi dell’Iss che sottolinea la prevalenza di BA.5, ed in particolare del sotto-lignaggio BQ.1.1, ed un concomitante aumento dei sequenziamenti attribuibili a XBB.1.5 e CH.1.1, entrambi in corso di ulteriori valutazioni a livello internazionale per il vantaggio di crescita osservato e la presenza di mutazioni potenzialmente associate ad immuno-evasione.

Nell’attuale scenario, scrive l’Iss, “è necessario continuare a monitorare, in coerenza con le raccomandazioni nazionali ed internazionali, la diffusione delle varianti virali circolanti nel Paese attraverso il sequenziamento dei campioni positivi per COVID -19”.

Nel dettaglio la rilevazione dell’indagine rapida di prevalenza delle varianti (Flash Survey) dell’Iss alla data del 10 gennaio 2023 segnala:

– La prevalenza nazionale della variante Omicron risultava pari al 100%.

– BA.5 risultava predominante, con una prevalenza a livello nazionale pari all’86,3% (90,6% nell’indagine precedente, del 13 dicembre 2022) e frequenze regionali/PPAA superiori al 74%. In aumento la proporzione, sul totale dei sequenziamenti, dei sotto-lignaggi BQ.1.n (65,0% vs. 57,9% della precedente indagine); tra questi, BQ.1.1 si confermava stabile e maggioritario.

– In crescita i valori di prevalenza di BA.2 (9,8% vs. 6,2% dell’indagine precedente), così come la proporzione di sequenziamenti attribuibili al sotto-lignaggio CH.1.1 (discendente di BA.2.75), oggetto di monitoraggio.

– Contenuto, anche se in aumento, il numero di sequenziamenti attribuibili al sotto-lignaggio ricombinante XBB.1.5 (ricombinante di BJ.1 e BA.2.75 con mutazione addizionale F486P nella proteina spike), oggetto di monitoraggio. – Stabile la prevalenza nazionale di BA.4 (0,3% vs. 0,3% dell’indagine precedente).

Analisi dei sequenziamenti depositati nella piattaforma I-Co-Gen
La piattaforma per la sorveglianza genomica delle varianti di SARS-CoV-2 (I-Co-Gen), alimentata da un flusso continuo di dati provenienti dalle Regioni/PPAA e dedicata all’analisi e condivisione dei dati di sequenziamento ha raccolto finora più di 189.000 sequenze provenienti da 71 strutture dislocate sull’intero territorio nazionale.

In base a questi dati di sequenziamento depositati in I-Co-Gen nelle ultime sei settimane (19 dicembre 2022 – 29 gennaio 2023) si rileva poi che:

– La variante Omicron rappresenta la quasi totalità (99,97%) dei sequenziamenti e che il restante 0,03% è da attribuire ad un ricombinante Delta/Omicron. In evidenza Rapporto n. 28 del 3 febbraio 2023 2

– BA.5 risulta predominante (87,0%), con 138 differenti sotto-lignaggi identificati (incluso il lignaggio parentale). Tra questi, BQ.1.1 ha raggiunto una frequenza del 38,9% (vs. 30,8% del precedente rapporto).

– Si continua ad osservare un incremento, sebbene moderato, nella proporzione di sequenziamenti attribuibili ai sotto-lignaggi CH.1.1 e XBB.1.5. 7

L’Iss sottolinea però che il numero di sequenziamenti prodotti nelle ultime due settimane (16-29 gennaio 2023) potrebbe non consentire una stima precisa della frequenza delle diverse varianti.