Il patrimonio genetico di Sars CoV-2 trattato come un tumore per rivelare le varianti del virus ma anche il Dna delle singole cellule tumorali. Messo a punto un nuovo test rapido e low cost per scovare nuove varianti del coronavirus in tempo reale, dimezzando i tempi di mappatura genomica oggi necessari.
A sviluppare questo nuovo sistema che si chiama COVseq, il team di ricercatori del Karolinska Institutet di Stoccolma e l’Istituto di Candiolo Fpo-Irccs e Ospedale Amedeo di Savoia di Torino. La tecnica italo-svedese pubblicata oggi su Nature Communication sarà utile anche per la mappatura del genoma dei tumori, offrendo maggior tempestività e controllo dei costi per i centri oncologici.
“Con COVseq siamo in grado di sequenziare centinaia di campioni virali a settimana a un costo al di sotto di 15 eurp a campione, notevolmente inferiore rispetto a quello delle metodiche attualmente disponibili – spiega Nicola Crosetto, primo autore della pubblicazione e coordinatore della ricerca presso il Karolinska Institutet di Stoccolma e l’Istituto di Candiolo – COVseq consente l’analisi genetica in parallelo delle sequenze di più di un campione utilizzando volumi di reazioni molto piccoli, grazie a una particolare apparecchiatura già disponibile anche a Candiolo e una tecnica chiamata multiplex PCR per amplificare l’intero genoma virale. Successivamente – aggiunge Crosetto – ogni campione viene ‘taggato’, cioè contrassegnato con un codice a barre molecolare, un’etichetta che lo distingue da tutti gli altri rendendolo univoco. Ciò rende possibile analizzare in tempi rapidi, e con costi contenuti, tantissime sequenze genomiche”.
“La metodica COVseq è già pienamente funzionante a Candiolo, dove la stiamo ulteriormente validando, in parallelo a kit diagnostici approvati dall’Autorità, nell’ambito della sorveglianza genomica del Sars-CoV-2 che l’Istituto di Candiolo effettua settimanalmente per la Regione Piemonte e mensilmente per l’Istituto Superiore di Sanità – aggiunge Antonino Sottile, Direttore Generale dell’Istituto di Candiolo Fpo-Irccs e co-autore dello studio – grazie a COVseq, abbiamo ora a disposizione uno strumento efficace e a basso costo per continuare la sorveglianza genomica nei prossimi mesi, cruciali al fine di intercettare tempestivamente la comparsa di nuove varianti virali nella popolazione già vaccinata, soprattutto nei soggetti fragili come i malati oncologici”.
L’importanza del monitoraggio virale Dall’inizio della pandemia, migliaia di sequenze del genoma del virus responsabile della malattia Covid-19, sono state prodotte in tutto il mondo e messe a disposizione della comunità scientifica tramite la piattaforma Gisaid. Questo sforzo ha consentito di indentificare tempestivamente la comparsa e la diffusione globale di nuove varianti virali dotate di maggiore trasmissibilità e patogenicità, quali le cosiddette varianti inglese, sudafricana, brasiliana e indiana, recentemente ribattezzate rispettivamente in Alpha, Beta, Gamma e Delta dall’Oms. Ma per una sorveglianza globale del virus Sars-CoV-2, è fondamentale sviluppare nuove metodiche che consentano il sequenziamento di un elevato numero di campioni a costo contenuto.
Non solo Covid-19. “Oltre al Coronavirus – conclude Anna Sapino, Direttore Scientifico dell’Istituto di Candiolo Fpo-Irccs e co-autrice dello studio – COVseq può essere facilmente adattato al sequenziamento di altri virus di rilevanza epidemiologica, oppure di virus che causano immunodepressione e possibile insorgenza di malattie ematologiche. Inoltre, tale metodica può essere utilizzata per il sequenziamento del Dna delle singole cellule che compongono il tumore per garantire terapie sempre più personalizzate e mirate. Pertanto esso rappresenta un nuovo importante strumento diagnostico a disposizione della sanità piemontese e italiana”.
