Antibiotico-resistenza. Lo studio europeo: “Crescono i batteri carbapenem-resistenti, il monitoraggio genomico è la svolta”

Un’indagine europea coordinata dal Centro europeo per la prevenzione e il controllo delle malattie segna una tappa fondamentale nella lotta alla resistenza antimicrobica. Lo studio, pubblicato su Lancet Microbe, fornisce il quadro genomico più completo mai realizzato finora sui batteri Enterobacterales resistenti ai carbapenemi e alla colistina in tutti i continenti europei.

I batteri carbapenem-resistenti rappresentano una priorità critica per la salute pubblica e la sicurezza dei pazienti, poiché causano infezioni difficili da trattare con opzioni terapeutiche limitate e un insufficiente sviluppo di nuovi antibiotici. I risultati dello studio sono stati pubblicati in due articoli separati dedicati rispettivamente a Klebsiella pneumoniae ed Escherichia coli, accompagnati da un rapporto dettagliato dell’Ecdc.

Oltre 300 ospedali e 36 Paesi coinvolti
L’indagine, coordinata dall’ Ecdc e condotta in collaborazione con l’Agenzia di Sanità Pubblica della Svezia e il Centre for Genomic Pathogen Surveillance del Pandemic Sciences Institute dell’Università di Oxford, ha raccolto dati epidemiologici, microbiologici e di sequenziamento genomico completo nel 2019. Sono stati coinvolti oltre 300 ospedali di 36 Paesi. Si tratta del secondo studio genomico su larga scala dopo l’indagine EuSCAPE del 2013-2014, e rappresenta un passaggio dalla valutazione epidemiologica tradizionale alla sorveglianza genomica integrata a livello paneuropeo.

L’iniziativa non si è limitata alla raccolta dei dati. I Paesi partecipanti sono stati sottoposti a valutazioni delle capacità, a sessioni di formazione e a esercizi di controllo di qualità esterni, supportando l’implementazione dei metodi genomici nei laboratori nazionali di riferimento. Questo sforzo coordinato ha consentito a molti Paesi europei di progredire verso una sorveglianza genomica di routine della resistenza antimicrobica, rafforzando la loro capacità di individuare, monitorare e rispondere alla diffusione di batteri resistenti agli antibiotici.

Il quadro epidemiologico in peggioramento
Per quanto riguarda Klebsiella pneumoniae, lo studio ha dimostrato che i lignaggi ad alto rischio resistenti ai carbapenemi, già identificati durante l’indagine EuSCAPE, continuano a circolare negli ospedali europei. Inoltre, sono stati osservati cambiamenti preoccupanti, tra cui la maggiore acquisizione di geni della carbapenemasi da parte di lignaggi ad alto rischio, l’espansione di nuovi lignaggi ad alto rischio emergenti e la maggiore diffusione di isolati che trasportano geni di virulenza.

Per Escherichia coli, sono emersi diversi segnali di allarme che indicano un peggioramento della situazione epidemiologica in Europa. Tra questi, la maggiore acquisizione di geni della carbapenemasi da parte di sequence types ad alto rischio e una più ampia diffusione clonale di lignaggi multidrug-resistenti di successo. Un dato particolarmente preoccupante è l’aumentata rilevazione di isolati di E. coli portatori del gene della carbapenemasi NDM-5.

Questi risultati suggeriscono un alto rischio che E. coli resistente ai carbapenemi possa diventare endemico in Europa, se non verranno implementate ulteriori azioni di salute pubblica. Nel complesso, i dati rivelano pattern epidemiologici eterogenei ma sempre più preoccupanti, che variano da Paese a Paese: da casi sporadici a circolazione endemica.

Il ruolo cruciale dei dati genomici
Lo studio evidenzia il ruolo cruciale dei dati genomici nel tracciare la diffusione della resistenza antimicrobica in Europa. Fornisce inoltre dati di riferimento che consentiranno ulteriori ricerche su K. pneumoniae ed E. coli resistenti ai carbapenemi.

La raccolta dati per la terza indagine europea sui batteri Enterobacterales resistenti ai carbapenemi (CRE25) è attualmente in corso. CRE25 applica un protocollo di campionamento semplificato con segnalazione rapida, resa possibile dalla maggiore capacità di sequenziamento genomico dei laboratori nazionali di riferimento. Le attività di potenziamento delle capacità dei laboratori nazionali partecipanti alla Rete Europea di Sorveglianza dei Geni di Resistenza Antimicrobica sono state supportate da diverse iniziative della Commissione Europea, tra cui l’HERA Incubator, il progetto EURGen-RefLabCap, il programma EU4Health e il programma di formazione Ecdc GenEpi-BioTrain.